Для синхронизации есть много решений. Одно из них linuxовая утилита rsync. Для её использования под Windows традиционно юзают Cygwin. Решение получается долгое сложное и запутанное, да и сама rsync не отличается особой дружелюбностью к пользователю. Тут на помощь приходит DeltaCopy.
